Po otrzymaniu informacji o podejrzeniu popełnienia przestępstwa, czy to od konkretnej osoby, czy też z innych źródeł, Państwowa Komisja przekazuje sprawę prokuraturze. Informacje można przekazać pisemnie lub osobiście podczas tzw. wysłuchania w siedzibie Komisji.

Zgłoszenie do Komisji jest równoznaczne z zawiadomieniem organów ścigania.

Państwowa Komisja może objąć monitoringiem sprawy na etapie postępowania przygotowawczego (prowadzonego przez prokuraturę), a także postępowania sądowego. Na wniosek osoby możemy monitorować działania prowadzone w sprawie lub zbadać sprawę zakończoną. Państwowa Komisja jest wtedy na bieżąco informowana o przebiegu danego postępowania, ma też prawo wglądu w akta. Bada je pod kątem ewentualnych uchybień ze strony organów. Jeśli uchybienia zostaną potwierdzone – podejmuje kroki prawne.

Państwowa Komisja wszczyna postępowanie wyjaśniające, aby ustalić, czy doszło do wykorzystania seksualnego osoby małoletniej. Jeśli tak, wydaje postanowienie o wpisie do Rejestru Komisji, będącego częścią Rejestru Sprawców Przestępstw na Tle Seksualnym prowadzonym przez Ministerstwo Sprawiedliwości.

Państwowa Komisja nie orzeka o winie ani o odpowiedzialności karnej. Wpis do Rejestru nie stanowi kary ani środka karnego, pełni przede wszystkim funkcję prewencyjną.

Państwowa Komisja aktywnie wspiera osoby pokrzywdzone, w szczególności poprzez: 
•udział w postępowaniach karnych na prawach oskarżyciela posiłkowego – za zgodą osoby pokrzywdzonej, a w przypadku małoletniego – za zgodą rodzica lub opiekuna prawnego, może aktywnie uczestniczyć w postępowaniu sądowym na prawach oskarżyciela posiłkowego. Dzięki temu zyskuje prawo inicjatywy dowodowej – może zgłaszać dowody, przesłuchiwać strony, zabierać głos w mowach końcowych, składać wnioski dotyczące wymiaru kary i środków karnych, a także wnioskować o apelację od wyroków.

• kierowanie do Prokuratora Generalnego wniosków o wniesienie skargi nadzwyczajnej lub kasacji od prawomocnego orzeczenia,
• składanie wniosków do prokuratury o objęcie sprawy szczególnym nadzorem.

Działania te stanowią dodatkowe wsparcie prawne dla pokrzywdzonych.

Państwowa Komisja prowadzi działania edukacyjne i informacyjne, wydaje materiały edukacyjne i profilaktyczne oraz opracowuje ekspertyzy wspierające ochronę dzieci przed przestępczością seksualną. Organizuje konferencje, szkolenia i debaty skierowane do różnych grup zawodowych, w szczególności tych specjalizujących się w pracy z dziećmi i młodzieżą. Sporządza raporty, w tym coroczny raport z działalności, który zawiera wnioski i rekomendacje dotyczące poprawy ochrony małoletnich.

Komisja aktywnie współdziała i wspiera różnorodne przedsięwzięcia społeczne realizowane przez szkoły, uczelnie, placówki oświatowe i kulturalne, stowarzyszenia, fundacje, organizacje pozarządowe, samorządy zawodowe, kościoły i związki wyznaniowe, ruchy obywatelskie oraz media. Dzięki temu działania Komisji mają szerszy zasięg i większą skuteczność w zakresie edukacji, profilaktyki oraz wsparcia pokrzywdzonych.

Państwowa Komisja sprawdza, czy organy państwa i inne podmioty prawidłowo reagują na przestępstwa seksualne wobec dzieci. W razie stwierdzenia nieprawidłowości podejmuje stosowne działania, w tym może zawiadomić właściwe organy oraz przekazać informację odpowiednim podmiotom o podejrzeniu popełnienia przestępstwa przez ich pracowników lub członków, co umożliwia wszczęcie postępowań wewnętrznych, w tym dyscyplinarnych.

Kontrolowane podmioty obejmują m.in.: prokuratury, sądy, ministerstwa, policję, organizacje pozarządowe, placówki edukacyjne, wychowawcze i opiekuńcze, instytucje kulturalne i sportowe, samorządy zawodowe, kościoły i związki wyznaniowe.

Państwowa Komisja analizuje trudności i nieprawidłowości w zakresie ścigania i karania sprawców przestępstw seksualnych wobec dzieci. Na podstawie tych analiz formułuje wnioski i rekomendacje, w tym propozycje zmian legislacyjnych, które mają wzmocnić ochronę małoletnich oraz zapewnić wsparcie pokrzywdzonym.

Komisja inicjuje i opiniuje działania ustawodawcze, a także kieruje wystąpienia do właściwych podmiotów – zarówno organów władzy państwowej, jak i organizacji pozarządowych oraz innych instytucji – w celu poprawy ochrony prawnej dzieci i zwiększenia dostępności pomocy dla osób poszkodowanych. Wystąpienia te obejmują zarówno wnioski o podjęcie inicjatywy ustawodawczej zmieniającej przepisy prawa, jak i opinie dotyczące projektów aktów prawnych.

Dzięki tym działaniom Komisja nie tylko identyfikuje systemowe problemy, ale również aktywnie przyczynia się do kształtowania skuteczniejszego i bardziej bezpiecznego systemu ochrony dzieci przed przestępczością seksualną.